Metodyka PRINCE2 jest uniwersalna, co oznacza, że może być stosowana zarówno w różnych branżach, jak i - co jest ważne w kontekście pytania - w organizacjach różnej wielkości. Pozwala na to możliwość skalowania (dostosowywania) poszczególnych elementów metodyki.

Natomiast "rozdzielenie" obowiązków projektowych od procesowych związane jest z dwiema głównymi kwestiami. Po pierwsze trzeba dobrze zdefiniować zakres ról i obowiązków w projekcie, a po drugie tak zaplanować prace do wykonania w organizacji, aby wyraźnie było widać, co jest projektem, a co działalnością operacyjną.

Konflikt priorytetów (co ważniejsze w danym momencie: projekt czy działalność operacyjna) ma zazwyczaj wiele wymiarów (np. najczęściej jest to kwestia zasobów, niezbędnych do wykorzystania w obu typach aktywności). O priorytetach zawsze powinni decydować zarządzający przedsiębiorstwem. To, jaka decyzja zostanie podjęta w danym momencie, zależy od bardzo wielu czynników, ale na pewno musi być zasadne biznesowo z punktu widzenia całej organizacji.