Polecam bibliotekę NAudio, która jest niepisanym standardem w świecie .NET, jeśli chodzi o obróbkę dźwięku.

Łączenie wielu strumieni dzwięku na przykładzie plików mp3: 

public static void Combine(string[] inputFiles, Stream output)
{
    foreach (string file in inputFiles)
    {
        Mp3FileReader reader = new Mp3FileReader(file);
        if ((output.Position == 0) && (reader.Id3v2Tag != null))
        {
            output.Write(reader.Id3v2Tag.RawData, 0, reader.Id3v2Tag.RawData.Length);
        }
        Mp3Frame frame;
        while ((frame = reader.ReadNextFrame()) != null)
        {
            output.Write(frame.RawData, 0, frame.RawData.Length);
        }
    }
}

Na podstawie: http://mark-dot-net.blogspot.com/2010/11/merging-mp3-files-with-naudio-in-c-and.html

Bibliotekę dostępna jest w postaci paczki NuGet, zatem wystarczy ją pobrać do swojego projektu z poziomu konsoli PowerShell:

Install-Package NAudio

Pełna dokumentacja NAudio jest dostępna na stronie http://naudio.codeplex.com/documentation ,a na PluralSight znajdziesz szkolenie na ten temat: http://www.pluralsight.com/courses/audio-programming-naudio.

Powodzenia!