Próbuję skryptem zamknąć InDesign i następnie otworzyć Illustratora. 

Skrypt otwiera Illustratora, ale nie zamyka InDesign.

//zamykanie
myDocument.close(SaveOptions.YES);

//otwieranie
#target illustrator

app.documents.add(DocumentColorSpace.CMYK, width = 1024, height = 768);