Rozwiązanie nie jest idealne, gdyż z poziomu Javy mamy ograniczoną kontrolę nad innymi procesami...

Nie ma problemu z utworzeniem procesu, w którym zostanie uruchomiony np. notatnik (można wykorzystać metodę exec z klasy java.lang.Runtime).

Da się również wygenerować zdarzenia pochodzące od klawiatury (można użyć klasy java.awt.Robot)

Nie mam natomiast pomysłu jak sprawdzić czy inna aplikacja ma aktualnie fokus.

Podsumowując aplikacja mogłaby wyglądać następująco:

import java.awt.AWTException;
import java.awt.Robot;
import java.awt.event.KeyEvent;
import java.io.IOException;

public class NotepadRunner {
  private final static int DELAY = 1000;

  private static void sendText(Robot robot, String text) {
    for (int i = 0; i < text.length(); i++) {
      char c = text.charAt(i);
      boolean upperCase = Character.isUpperCase(c);
      if (upperCase) {
        robot.keyPress(KeyEvent.VK_SHIFT);
      }
      c = Character.toUpperCase(c);
      robot.keyPress(c);
      robot.keyRelease(c);
      if (upperCase) {
        robot.keyRelease(KeyEvent.VK_SHIFT);
      }
    }
    robot.delay(DELAY);
  }

  private static void sendSpecialCharacter(Robot robot, int... keys) {
    for (int i = 0; i < keys.length; i++) {
      robot.keyPress(keys[i]);
    }
    for (int i = keys.length - 1; i >= 0; i--) {
      robot.keyRelease(keys[i]);
    }
    robot.delay(DELAY);
  }

  public static void main(String[] args) {
    final String TEKST = "to jest test";
    final String FILENAME = "test.txt";
    final String NOTEPAD = "C:\\Windows\\notepad.exe";
    try {
      Runtime.getRuntime().exec(NOTEPAD);
      Robot robot = new Robot();
      sendText(robot, TEKST);
      sendSpecialCharacter(robot, KeyEvent.VK_CONTROL, KeyEvent.VK_S); // <CTRL/S>
      sendText(robot, FILENAME);
      sendSpecialCharacter(robot, KeyEvent.VK_ALT, KeyEvent.VK_Z); // <ALT/Z>
    } catch (IOException | AWTException e) {
      e.printStackTrace();
    }
  }

}

Do problemu można podejść jeszcze inaczej: najpierw utworzyć plik z zawartością, a następnie wczytać go do notatnika. Wówczas kod będzie trochę prostszy:

import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.io.Writer;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Path;
import java.nio.file.Paths;

import javax.swing.filechooser.FileSystemView;

public class NotapadRunner2 {
  public static void main(String[] args) {
    final String TEKST = "to jest test";
    final String FILENAME = "test2.txt";
    final String NOTEPAD = "C:\\Windows\\notepad.exe";

    // katalog domyślny dokumentów
    String dir = FileSystemView.getFileSystemView().getDefaultDirectory().getPath();

    // utworzenie pliku z zawartością
    Path path = Paths.get(dir, FILENAME);
    try (Writer out = Files.newBufferedWriter(path)) {
      out.write(TEKST);
    } catch (IOException e) {
      e.printStackTrace();
    }
    // uruchomienie notatnika
    try {
      Runtime.getRuntime().exec(NOTEPAD + " " + dir + File.separatorChar + FILENAME);
    } catch (IOException e) {
      e.printStackTrace();
    }
  }
}