W przypadku uszkodzenia bazy danych master nie uruchomi się instancja SQL serwera, więc nie będzie możliwości odtworzenia backupu. Jest kilka scenariuszy jak można postąpić. Microsoft zaleca aby za pomocą Command Prompt (uruchomionego jako Administrator) przejść do katalogu gdzie znajduje się plik setup.exe (np. w MS SQL 2008 to : C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\Setup Bootstrap\Release) a następnie wykonać polecenie: Setup /QUIET /ACTION=REBUILDDATABASE /INSTANCENAME=[InstanceName]
/SQLSYSADMINACCOUNTS=[accounts] [/SAPWD= StrongPassword][/SQLCOLLATION=CollationName] (odpowiednio zastępując [InstanceName] – nazwą instancji, [accounts] – nazwą konta (musi mieć rolę sysadmin) (hasło i collation są opcjonalne i wynikają z parametrów konfiguracji SQL Serwera). To działanie spowoduje utworzenie na nowo wszystkich (podkreślam wszystkich)  baz systemowych. Teraz możemy uruchomić instancję SQL Serwera i się do niej zalogować, a następnie odtworzyć z backupu (o ile go posiadamy) wszystkie systemowe bazy danych, tak aby przywrócić poprzednią funkcjonalność instancji serwera.