Nie ma tutaj pojęcia "lepszy" ani "gorszy".

Zrealizowany Mysqldumpem nie wymaga wyłączenia bazy, będzie mniejszy (uwzględniając kompresję nawet znacznie), może być zazwyczaj zaimportowany na innym sqlu, czy też silniku bazodanowym, można też z niego wydobyć poszczególne fragmenty baz które akurat trzeba odtworzyć.

Backup "plikowy" jest prostszy do odtworzenia i mamy pewność że dane będą dokładnie takie jakie były w bazie (włącznie z np. uszkodzeniami bazy, widokami które są niepoprawne, ale z jakiegoś powodu funkcjonują itepe).

Zazwyczaj używa się narzędzi typu Mysqldump - ale czasami backup plików też może być przydatny.