Krótko i ogólnie:
W większości przypadków nie trzeba, ale opcjonalnie można i jest to mocno zalecane. Zwykle się to robi.

Dokładniej:
Przygotowanie do instalacji, instalacja i operacje po instalacji Fix Pack'a DB2 mogą wyglądać inaczej dla różnych wersji DB2, platform systemowych i sposobu implementacji. Zawsze należy sprawdzić dokumentację do każdego instalowanego Fix Pack'a.
IBM przygotował stronę z wykazem dostępnych Fix Pack'ów do poszczególnych wersji DB2 na platformach Linux, UNIX, Windows:

http://www-01.ibm.com/support/docview.wss?uid=swg27007053

Stąd można się dostać do stron szczegółowych opisujących poszczególne Fix Pack'i.

W większości przypadków opis instalacji FP jest wskazywany w dokumentacji odpowiedniej wersji DB2, np. dla wersji 10.5:

https://www.ibm.com/support/knowledgecenter/SSEPGG_10.5.0/com.ibm.db2.luw.qb.server.doc/com.ibm.db2.luw.qb.server.doc-gentopic2.html?lang=en

W szczególności działania po instalacji i wykonaniu uaktualnienia instancji (kroki obowiązkowe) DB2 10.5 są opisane tutaj:

https://www.ibm.com/support/knowledgecenter/SSEPGG_10.5.0/com.ibm.db2.luw.qb.server.doc/doc/c0025015.html?lang=en

Część operacji modyfikacji poszczególnych baz danych wykonywana jest automatycznie.

Dla poszczególnych platform pojawia się tam punkt:
3. Optional: Update the system catalog objects in your databases to support the fix pack.
This task is strongly recommended if you want to use capabilities specific to the fix pack.

W praktyce zwykle się to robi.
Pragnę jeszcze raz zwrócić uwagę, że należy dokładnie sprawdzić dokumentację dla każdego instalowanego Fix Pack'a.

Życzę sukcesów w pracy z DB2.
Pozdrawiam.