Różnica jest  zasadnicza - służą one do czegoś zupełnie innego.

Rozumiem, że chodzi o L2TP lub LTTP - czyli Layer Two Transportation Protocol - jest to "metoda transportu" - tunelowania w warstwie drugiej.

IPSec - jest "metodą zabezpieczenia" - czyli wszystko co wiąże się z bezpiecznym przesyłaniem (integralność, weryfikacja nadawcy i odbiorcy itp.).

Reasumując, posłużę się takim przykładem - jeśli L2TP potraktujemy jako naszą "firmę transportową" która od pkt. A do pkt. B dostarcza towary,
a IPSec potraktujemy jako "firmę ochrony" - to wynikowo L2TP/Ipsec będzie bardzo poważnym "konwojem" naszych danych przy połączeniach VPN.