Ryszardzie.

Ad.1.Warto sprawdzić karty sieciowe maszyn wirtualnych - czy na pewno są one najlepszymi możliwymi w tym środowisku.
Przy okazji można zaktualizować sterowniki karty sieciowej, to może tylko pomóc.

Nie martw się prędkością migracji jednej skrzynki, jeżeli będziesz migrował wiele skrzynek do różnych baz w jednym momencie, to sumaryczna prędkość przesyłu danych będzie większa.

Porzuć pomysł grzebania w Throtting Policy - nie warto.

Ad.2. Warto sprawdzić jak to będzie wyglądać w naszym środowisku. Kopię zapasową powinieneś mieć w zanadrzu.
Przy dobrze skonfigurowanym środowisku, użytkownik nie zauważy procesu migracji skrzynki w trakcie pracy. Na koniec migracji jego skrzynka otrzyma komunikat w stylu "Administrator dokonał zmiany ustawień, należy uruchomić ponownie program Outlook". Po ponownym uruchomieniu, będzie połączony z nowym serwerem. Testowałem ten proces na Outlook 2007, 2010, 2013.
Ważne jest, aby monitorować migrację skrzynek z poziomu ECP pod kątem uszkodzonych elementów (maili).

Przy odpowiedniej konfiguracji telefony komórkowe połączone przez ActiveSync powinny też same zmienić serwer.