Jest ryzyko, że instalując jakieś oprogramowanie spoza dystrybucji(a dokładniej - nie używające, lub mające nieprawidłowe zależności w RPM-ie), użyje ono biblioteki, która jest zainstalowana w systemie, a która została pociągnięta jako zależność od aplikacji, którą odinstalowujemy.

Wtedy - po odinstalowaniu, gdyby biblioteka pociągnieta jako zależność została usunięta - oprogramowanie, które jej używa, a które nie zarejestrowało wymagania na nią w bazie RPM-a  przestałoby działać.

Bardziej obrazowo:

1. Pakiet A z dystrybucji wymaga biblioteki/pakietu B. Instalacja A pociąga więc za sobą instalację pakietu B.
2. Spoza dystrubucji instalujemy narzędzie C, które wymaga pakietu B. Wszystko działa.
3. Odinstalowujemy pakiet A. W sytuacji, gdyby Yum usunął zależności, które nie są wymagane przez nic innego, czyli pakiet B, aplikacja C przestałaby działać.

Ooops :-)