Odpowiadając najkrócej - należy go zrobić tak, żeby wygodnie się z niego korzystało. Dla każdego Kierownika Projektu może to oznaczać co innego, ponieważ każdy ma trochę inne potrzeby i umiejętności.

Częściową odpowiedź na twoje pytanie można znaleźć w podręczniku, który przedstawia strukturę podziału produktów w trzech formach.

1. Diagramu, który można narysować w dowolnym, ulubionym programie graficznym. Dość wygodnie robi się to na przykład w MS Visio. Niektórzy "twardziele" rysują za pomocą Worda. Narzędziem specjalizowanym do wspomagania zarządzania projektami według PRINCE2 posiadającym narzędzie do generowania diagramu struktury produktów jest P2ware.
2. Mapy myśli, i tu znów można użyć dowolnego, ulubionego narzędzia. Jest kilka komercyjnych i kilka darmowych programów wspomagających rysowanie mapy myśli, np. MindMeister, MindJet, XMind, Coggle, Freemind, MindNode. Także można do tego celu wykorzystać MS Visio, zwłaszcza w wersji 2010 z dodatkiem WBS modeler.
3. Listy zagnieżdżonej, tym razem mamy całe spektrum edytorów tekstu, na przykład MS Word.

Niezależnym problemem jest wersjonowanie planów. Sposób wersjonowania zależy od ustaleń w Strategii Zarządzania Konfiguracją. Można to robić ręcznie, odpowiednio zmieniając nazwy plików. Do zarządzania wersjami można wykorzystać takie narzędzie jak SVN lub funkcjonalność, którą daje P2ware.