Można wykorzystać poniższy kod, wystarczy w pętli gdzie wypisywana jest ścieżka plików w podfolderach dodać instrukcję do wykonania pożądanych czynności na plikach:

Private Sub PrintFolders()
    Dim sciezkaFolderu As String
    Dim objFSO As Object
    Dim objFolder As Object
    Dim objSubFolder As Object
    Set objFSO = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
    ' Folder do przeglądania
    Set objFolder = objFSO.GetFolder("C:\Users\Przykład")
    Dim i As Long
    Dim j As Long
    i = 1
    j = 1
    ' Przegląd folderów we wskazanym folderze głównym
    Application.EnableCancelKey = xlErrorHandler
    For Each objSubFolder In objFolder.subfolders
    Application.StatusBar = objSubFolder.Path & " " & objSubFolder.Name
        ' Nazwa folderu
        Cells(i + 1, 1) = objSubFolder.Name
        ' Ścieżka folderu
        sciezkaFolderu = objSubFolder.Path
        Cells(i + 1, 2) = sciezkaFolderu
        ' Przegląd plików w folderze
        ChDir sciezkaFolderu
        j = i + 1
        Dim sciezka As String
        sciezka = Dir("")
        Do Until sciezka = ""
            j = j + 1
            Cells(j, 1).Value = sciezka
            Cells(j, 2).Value = sciezkaFolderu & "\" & sciezka
            sciezka = Dir
        Loop
        i = j - 1
        i = i + 1
    Next objSubFolder
End Sub